De oorzaak en de oorsprong van het Rett syndroom zetelen in een mutatie van het MeCP2-gen op het X-chromosoom. Dit gen stuurt de aanmaak van bepaalde eiwitten en enzymen die nodig zijn voor de ontwikkeling van de hersenen. Met name de hersenstam, waar de autonome functies worden geregeld, ontwikkelt zich onvoldoende bij het Rett syndroom, met de typische Rett symptomen als gevolg.